Seconda fase
Le sette squadre con il coefficiente più alto entreranno dopo il girone di qualificazione, nel quale le altre 36 squadre verranno divise in nove gruppi da quattro. Nove squadre ospiteranno il loro girone, e saranno sorteggiate a parte. Le vincitrici di ogni girone avanzeranno al secondo turno di qualificazione - anche questi quattro gruppi verranno decisi tramite sorteggio. Il Frankfurtsdarà nel Gruppo B1, l'Umeå e le semifinaliste del 2007/08 ASD CF Bardolino Verona nel Gruppo B2, Arsenal LFC e Olympique Lyonnais saranno nel Gruppo B3 mentre Brøndby IF e Duisburg nel Gruppo B4.
Eliminazione diretta
Due squadre di ogni gruppo andranno ai quarti e da questa fase si giocherà in doppi confronti di andata e ritorno. Il sorteggio per la fase a eliminazione diretta è già deciso e se Frankfurt e Umeå vinceranno il loro gruppo e i quarti, si incontreranno in semifinale la prossima primavera. Il Frankfurt potrebbe anche incontrare ai quarti i rivali nazionali del Duisburg.
| Ranking Coppa UEFA Femminile 2008/09 | | Direttamente al secondo turno di qualificazione (7 squadre) | | Posizione | Nazione | Club | Gruppo | | 1 | Detentori (GER) | 1. FFC Frankfurt | B1 | | 2 | SWE | Umeå IK | B2 | | 3 | ENG | Arsenal LFC | B3 | | 4 | DEN | Brøndby IF | B4 | | 5 | GER | FCR 2001 Duisburg | B4 | | 6 | FRA | Olympique Lyonnais | B3 | | 7 | ITA | ASD CF Bardolino Verona | B2 | | Primo turno di qualificazione: 4-9 settembre (36 squadre) – squadra di casa in neretto | | Posizione | Nazione | Club | Urna | | 1 | ISL | Valur Reykjavík | 5
| | 1 | AUT | SV Neulengbach | 1 | | 1 | CZE | AC Sparta Praha | 5
| | 1 | BLR | WFC Universitet Vitebsk | 5
| 1
| POL | AZS Wroclaw | 1
| | 1 | KAZ | Alma KTZH | 5
| | 1 | NOR | RØA Idrettslag | 1
| | 1 | SRB | ŽFK Mašinac Niš | 1
| | 1 | RUS | Zvezda-2005 | 5
| | 2 | HUN | 1. FC Femina Budapest | 4
| | 2 | BIH | ŽNK SFK 2000 Sarajevo | 1
| | 2 | ISR | Maccabi Holon FC | 4
| 2
| ROU | CFF Clujana | 4
| | 2 | NED | AZ Alkmaar | 4
| | 2 | ESP | Levante UD | 4
| 2
| POR | SU 1° Dezembro | 4
| 2
| GRE | FC PAOK | 4
| | 2 | BUL | FC NSA Sofia | 4
| | 3 | BEL | KVK Tienen | 3
| | 3 | FIN | FC Honka Espoo | 3
| | 3 | SVN | ŽNK KRKA Novo Mesto | 3 | 3
| UKR | Naftokhimik | 3
| | 3 | SUI | FC Zürich Frauen | 3
| | 3 | WAL | Cardiff City LFC | 3
| | 3 | MDA | FC Narta Chisinau | 3
| | 3 | CRO | NK Osijek | 3
| | 3 | LTU | Gintra Universitetas | 3
| | 4 | SVK | FK Slovan Duslo Sala | 1
| | 4 | FRO | Klaksvíkar Ítrottarfelag | 2
| | 4 | SCO | Glasgow City LFC | 2
| | 4 | MKD | ŽFK Skiponjat | 1
| | 4 | NIR | Glentoran Belfast United | 2
| | 4 | IRL | Galway LFC | 2
| | 4 | GEO | FC Dinamo Tbilisi | 2
| | 4 | CYP | Vamos Idaliou | 2
| | 4 | EST | FC Levadia Tallinn | 2
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Secondo turno di qualificazione Coppa UEFA Femminile 2008/09: 9-14 ottobre
Squadre di casa da confermare, le caselle vuote verranno riempite durante il sorteggio delprimo turno di qualificazione
| | Gruppo B1 | Gruppo B2 | | 1. FFC Frankfurt (GER, holders) | Umeå IK (SWE) | | | ASD CF Bardolino Verona (ITA) | | | | | | | | Gruppo B3 | Gruppo B4 | | Arsenal LFC (ENG) | Brøndby IF (DEN) | | Olympique Lyonnais (FRA) | FCR 2001 Duisburg (GER) | | | | | | |
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| Quarti di finale Coppa UEFA Femminile 2008/09 (la prima squadra gioca l'andata in casa) | | Quarti di finale: 5/6 e 12/13 novembre | | 1: Seconda Gruppo B4 - Vincente Gruppo B1 | | 2: Seconda Gruppo B3 - Vincente Gruppo B2 | | 3: Seconda Gruppo B2 - Vincente Gruppo B3 | | 4: Seconda Gruppo B1 - Vincente Gruppo B4 | | Semifinali: 28/29 marzo e 4/5 aprile | | 1: Vincente quarto 1 - Vincente quarto 2 | | 2: Vincente quarto 3 - Vincente quarto 4 | | Finale: 16 e 23 maggio | | Vincente semifinale 1 - Vincente semifinale 2 |
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