• La Croazia ospiterà la fase finale del 2016/17 dal 3 al 19 maggio

Gruppo A: Croazia, Spagna, Turchia, Italia
Gruppo B: Scozia, Francia, Ungheria, Isole Faroe
Gruppo C: Germania, Irlanda, Serbia, Bosnia-Erzegovina
Gruppo D: Olanda, Inghilterra, Norvegia, Ucraina

• La fase finale stabilirà anche i cinque posti riservati alla UEFA per i Mondiali FIFA U-17 2017 in India, che si terranno dal 6 al 28 ottobre.

Città ospitanti: Varazdin (Quarto di finale, Semifinale, Finale), Zapresic (Gruppo D x 2, Quarto di finale, Semifinale), Velika Gorica (Gruppo B x 3, Quarto di finale x 2), Sesvete (Gruppo D x 3, spareggio Coppa del Mondo), Lucko (Gruppo B x 3, Gruppo D x 1), Rijeka (Gruppo A x 5, Gruppo C x 1), Kostrena (Gruppo A x 1, Gruppo C x 5)

Calendario
Fase a gironi: 3/4, 6/7, 9/10 maggio
Quarti di finale: 12/13 maggio
Semifinali e spareggio Coppa del Mondo FIFA U-17: 16 maggio
Finale: 19 maggio

Sistema eliminazione diretta
Quarto di finale 1: Vincente Gruppo A - Seconda Gruppo B
Quarto di finale 2: Vincente Gruppo B - Seconda Gruppo A
Quarto di finale 3: Vincente Gruppo C - Seconda Gruppo D
Quarto di finale 4: Vincente Gruppo D - Seconda Gruppo C

Semifinale 1: Vincente Quarto di finale 1 - Vincente Quarto di finale 3
Semifinale 2: Vincente Quarto di finale 2 - Vincente Quarto di finale 4

Finale: Vincente Semifinale 1 - Vincente Semifinale 2

• Le due migliori perdenti ai quarti di finale (secondo i criteri contenuti nel Regolamento 16.06) disputeranno lo spareggio per il quinto posto europeo alla Coppa del Mondo FIFA U-17 in India unendosi alle quattro semifinaliste.