La Federcalcio moldava (Federaţia Moldovenească de Fotbal o FMF), è nata nel 1990, ma la storia del calcio moldavo affonda le sue radici nel passato. Infatti, prima di quella data e prima di diventare una delle 15 repubbliche ex sovietiche, la Moldova era sotto la giurisdizione della Federazione dell'URSS.

LA neonata FMF si trova subito impegnata su tre fronti: organizzare un campionato indipendente, entrare a far parte della comunità calcistica internazionale e creare una rappresentativa nazionale. 

I club moldavi continuano a partecipare al campionato sovietico per la stagione 1990/91, mentre il 2 luglio 1991 è la storica data che segna l'esordio della nazionale moldava contro la Georgia. La gara si conclude con una sconfitta per 4-2, mentre un anno più tardi arriva il pareggio per 1-1 contro la Lituania. Nel 1993 la FMF entra a far parte della UEFA e un anno più tardi si unisce anche alla FIFA.

Nel marzo 1992 iniziano il primo campionato nazionale (Divizia Naţională), con 12 squadre partecipanti, e la prima Coppa di Moldova, che coinvolge 32 club. L'integrazione della Moldova continua con l'inserimento dei suoi club nelle competizioni europee.

L'FC Zimbru Chişinău diventa la prima squadra moldava a giocare nei preliminari di UEFA Champions League, nell'agosto del 1993. Nel settembre 1994, la Moldova affronta la Georgia a Tblisi nella gara che segna il debutto di entrambe le rappresentative alle qualificazioni per EURO '96™ e che si conclude con la vittoria per 1-0 dei moldavi. Successive partite contro corazzate come Germania, Italia e Inghilterra ricoprono un'importanza fondamentale per lo sviluppo della squadra. Nell'aprile del 2008 la squadra è 37esima nel ranking FIFA.

Grazie alla FMF anche il calcio giovanile ha conosciuto un rapido sviluppo. Il risultato più visibile di tale crescita è stata la qualificazione della Moldova alle fasi finali dei Campionati Europei UEFA Under 17 disputatisi nel 2002 in Danimarca. L'Under 21 ha battuto squadre come Germania, Israele e Norvegia, fermando sul pareggio Inghilterra, Romania e Olanda. Iniziative come il programma Gugutsa per i ragazzi tra i cinque e i nove anni, l'introduzione di un trofeo nazionale dedicato agli Under 16 e una maggiore attenzione ai vivai hanno fatto il resto.

Ai progressi sul campo ne sono seguiti altri di diversa natura. Grazie all'appoggio di UEFA e FIFA, sono stati realizzati numerosi progetti volti al miglioramento delle infrastrutture sportive, tra le quali spiccano la nuova sede della FMF nella capitale Chinisau, numerosi campi in terreno sintetico e un moderno centro di allenamento per le varie rappresentative nazionali. Lo sforzo comune dei progetti UEFA HatTrick e FMF All Together hanno portato alla costruzione di 340 mini-campi in erba sintetica.

Alcune società stanno seguendo l'esempio, investendo sulle infrastrutture. L'FC Sheriff ha inaugurato un nuovo centro sportivo nel 2002, che viene considerato tra i migliori in Europa; lo Zimbru si è trasferito in un nuovo stadio e un nuovo centro di allenamento nel 2006. Tutti questi progetti sono stati messi in atto con la speranza di veder emergere una nuova generazione di calciatori moldavi capaci di seguire le orme di Igor Dobrovolsky, campione olimpico nel 1988 con l'Unione Sovietica e talento assoluto dei primi anni '90.

Lo Sheriff ha giocato per tre volte la fase a gironi della UEFA Europa League e può vantare vittorie contro FC Dynamo Kyiv, FC Twente e Tromsø IL. Nel novembre 2014, la FMD ha inaugurato, con il sostegno dell'UEFA, la moderna Futsal arena a Ciorescu, che ha ospitato le gare preliminare dell'UEFA Futsal EURO 2016.