L'8 marzo 1931, nella storica capitale montenegrina di Cetinje, veniva fondata la Federazione Calcio Cetinje. L'organizzazione faceva capo alla Federcalcio jugoslava e affiancava altri nove organi calcistici di supervisione nel Regno di Jugoslavia.

Tra la data di fondazione e l'inizio della Seconda Guerra Mondiale, in Montenegro vennero registrate 105 squadre. Delle cinque che hanno vinto il campionato fino al 1941, solo tre continuano d esistere: l'FK Budućnost Podgorica, l'FK Arsenal (di Tivat) ed l'FK Lovćen (di Cetinje). Il Lovćen, nato nel 1913, è una delle squadre più antiche dei Balcani.

La fine del conflitto mondiale favorì un cambiamento perché gli amministratori del calcio del Montenegro, il paese più piccolo della Repubblica Federale Socialista di Jugoslavia, fondarono un consiglio locale il 5 agosto 1945. Il consiglio divenne Federcalcio del Montenegro (Fudbalski savez Crne Gore – FSCG) il 6 dicembre 1948. La federazione continuò a operare sotto la più ampia autorità della Federcalcio jugoslava.

Dopo aver vinto il campionato del 1946 davanti a Lovćen, FK Sutjeska (di Niksic) e Arsenal, il Budućnost Podgorica partecipò alla prima edizione postbellica della massima divisione jugoslava nel 1946/47. Il Budućnost sarebbe stato la squadra montenegrina di maggior successo nell'era jugoslava e arrivò volte alla finale di Coppa di Jugoslavia, perdendo nel 1965 contro l'NK Dinamo Zagreb (2-1) e contro l'HNK Hajduk Split (2-0) nel 1977. L'unica altra squadra montenegrina della massima serie era il Sutjeska che, come il Budućnost, approdò alla Coppa UEFA Intertoto qualche anno più tardi.

Le squadre del Montenegro, in particolare il Budućnost, sono state più famose per aver esportato giovani campioni nei più importanti club jugoslavi. Tra questi, Dejan Savićević e Predrag Mijatović. Savićević ha vinto due Coppe dei Campioni (con l'FK Crvena Zvezda nel 1991 e con l'AC Milan nel 1994), mentre Mijatović ha segnato il gol decisivo nella finale di UEFA Champions League 1998 che ha restituito il titolo al Real Madrid CF dopo 32 anni di attesa. Altri giocatori cresciuti nel Budućnost sono stati Branko Rašović, Zoran Filipović, Ante Miročević, Branko e Dragoljub Brnović, Dragoje Leković e Željko Petrović.

Dopo il crollo della Repubblica Federale Socialista, il Montenegro è entrato a far parte della Repubblica Federale di Jugoslavia, prima che la federazione venisse sostituita dalla Federazione di Serbia e Montenegro. In questo periodo, altre squadre montenegrine hanno potuto cimentarsi nella massima serie e l'FK Zeta ha riscosso i maggiori successi. La formazione di Golubovci è approdata al secondo turno di qualificazione di Coppa UEFA nel 2005, mentre nel 2006 ha partecipato alla Coppa UEFA Intertoto. Lo Zeta è stato anche la prima squadra campione del Montenegro indipendente dopo il referendum per l'autonomia, vincendo il campionato 2006/07 a 12 squadre sotto l'egida della nuova Federcalcio del Montenegro (FSCG). Il 26 gennaio e il 29 maggio 2007, la nazione è entrata a far parte della UEFA e della FIFA rispettivamente.

Tra le due date, il Montenegro ha esordito a livello internazionale con l'amichevole vinta 2-1 contro l'Ungheria il 24 marzo 2007. La squadra, allenata da Zoran Filipović, si è imposta grazie alle reti di Mirko Vučinić e Igor Burzanović. La nazionale ha esordito a livello ufficiale nella gara di qualificazione alla Coppa del Mondo FIFA contro la Bulgaria, giocata a Podgorica il 6 settembre 2008 e pareggiata 2-2. La prima vittoria ufficiale è stata il 2-1 casalingo contro la Georgia del 10 ottobre 2009. Con una formazione dotata di talenti come Mirko Vučinić (AS Roma), Stevan Jovetić (ACF Fiorentina) e Simon Vukčević (Sporting Clube de Portugal ), il Montenegro è una sicura promessa per le future campagne di qualificazione.