Il calcio in Azerbaigian nacque nel 1911, introdotto da lavoratori inglesi durante il boom industriale alla fine del XIX secolo. Il gioco si sviluppò rapidamente sia nella capitale Baku, sia nelle città di Tovuz e Shamkir e il tifo raggiunse dei livelli di passione tali da dover utilizzare arbitri neutrali provenienti dalla vicina Georgia per le grandi partite.

Negli anni '20 esisteva un campionato regionale a Baku, mentre negli anni '30 le squadre azere FK Neftchi, FK Temp, FK Dinamo e FK Lokomotiv rappresentavano il paese nei vari campionati sovietici. La vera svolta, tuttavia, giunse dopo il secondo conflitto mondiale. Dopo essersi iscritto alla Coppa dell'URSS per la prima volta nel 1944, il Neftchi incominciò a competere nel massimo campionato sovietico verso la fine del decennio. Un altro successo giunse nel 1966, quando il Neftchi si classificò al terzo posto in campionato e due giocatori del club di Baku - Anatoliy Banishevskiy e Eduard Makarov - furono convocati pe la nazionale sovietica ai Mondiali d'Inghilterra.

Col crollo dell'Unione Sovietica nei primi anni '90, il calcio azero, come tutti i settori dell'attività pubblica, conobbe un marcato declino. L'indipendenza consentì però la fondazione di una federazione calcistica nazionale, vera pietra miliare per la formazione e lo sviluppo del calcio in Azerbaigian. L'Associazione delle federazioni calcistiche dell'Azerbaigian (AFFA) fu creata nel 1992 e aderì alla UEFA due anni dopo, dando così un impulso determinante all'evoluzione del calcio azero. La UEFA istituì l'Ufficio per l'assistenza all'Europa orientale (EEAB) per aiutare le nuove federazioni europee emerse dalla disgregazione dell'URSS. I risultati furono significativi.

Grazie all'aiuto finanziario, tecnico e organizzativo, l'Azerbaigian è riuscito ad integrarsi nella famiglia calcistica internazionale. Lo stadio Shafa di Baku è stato costruito nel 2001, culmine di un grande miglioramento delle infrastrutture. FK Baki e Olimpik-Shuvalan PFC sono squadre con nuovi impianti, mentre altri se ne stanno costruendo in città come Lankaran, Imishli, Evlakh and Zagatala. La UEFA ha finanziato anche la costruzione di campi con erba artificiale.

Nell'ottobre del 2007 il presidente UEFA, Michel Platini, ha inaugurato la nuova Casa del Calcio dell'AFFA a Baku, insieme al presidente della FIFA Joseph S Blatter. Il presidente della repubblica Ilham Aliyev ha onorato il signor Platini dell'Ordine della Gloria, l'onoreficenza più importante in Azerbaijan.

Oltre al miglioramento delle infrastrutture l'AFFA si dedica molto al calcio giovanile con un programma ufficiale che copre dal 2005 al 2015. Ci sono campionati Under 17 e Under 15 con le squadre della prima divisione – la Premyer Liqasi – e di quelle minori. C'è un campionato Under 13 con 80 squadre, mentre se ne sta pianificando uno simile a livello di Under 11. Altre iniziative per il calcio di base sono calcio/futsal per disabili e calcio di strada.

Ci sono corsi per arbitri e allenatori che seguono i criteri UEFA e gli arbitri azeri hanno ottenuto il riconoscimento internazionale. Il Futsal è un punto di forza per la AFFA. L'Azerbaijan, e Baku in particolare, è un centro vitale del calcio a cinque sin dagli anni '60, e l'Araz Naxçivan fa parte dell'élite europea nella UEFA Futsal Cup.

La nazionale partecipa a qualificazioni per Europei e Mondiali da EURO 96. Dopo aver iniziato con una sconfitta per 3-0 in Romania a settembre 1994, la squadra è cresciuta ottenendo buoni risultati. Vittorie su Svizzera, Slovacchia, Serbia e Montenegro e Finlandia hanno precedeuto il pari 1-1 contro la Russia e la vittoria per 2-0 in Liechtensteinnelle qualificazioni ai Mondiali del 2010.