La disgregazione dell'antico assetto politico e geografico dei Balcani ha offerto alla Croazia e ai suoi calciatori la possibilità di brillare. Una generazione di calciatori di grande talento non ha tardato a portare il paese in vetta alla scena mondiale, e le prospettive future restano altrettanto buone.

I primi club croati sono stati fondati a Zagabria nel 1903: Primo Club Calcistico e Sportivo e Club Sportivo Accademico Croato. La federcalcio croata (Hrvatski Nogometni Savez o HNS) viene fondata nove anni più tardi, nella stessa città, il 13 giugno 1912. L'adesione è preclusa alle squadre delle regioni di Istria e Dalmazia, in quanto sotto il dominio austriaco.

Il primo campionato, al via il 26 settembre 1912, vede pertanto la partecipazione di club esclusivamente di Zagabria: cinque. Il nuovo torneo viene interrotto con l'entrata in guerra nel 1914 dell'impero Austro-ungarico nel primo conflitto mondiale. Le attività sportive vengono interrotte fino al termine delle ostilità.

Nel 1918, dopo la creazione del Regno dei serbi, croati e sloveni (ridenominato Regno di Jugoslavia nel 1929), l'HNS viene incorporata nella federazione calcio jugoslava (JNS), fondata nel mese di aprile del 1919 e avente sede a Zagabria. Una controversia insorge nel 1929 quando l'assemblea della JNS decide di trasferire la sede centrale della federazione a Belgrado.

La HNS viene ricostituita nel 1939 e acquista ampia autonomia con la fondazione nel mese di agosto dello stesso anno della Massima federazione calcio del Regno di Jugoslavia. Tale sistema confederale conferisce alla HNS il diritto di organizzare partite internazionali, la prima delle quali è una vittoria per 4-0 contro la Svizzera a Zagabria il 2 aprile 1940. Al momento della disgregazione della Jugoslavia con la deflagrazione del Secondo Conflitto Mondiale, la HNS opera all'interno dello Stato Indipendente di Croazia, ammessa come membro FIFA a pieno titolo il 16 luglio 1941.

Nel 1945 nasce la Repubblica Popolare Federativa di Jugoslavia. Tuttavia, la novità quasi non interessa la HNS, che continua a operare nel territorio della Repubblica Popolare di Croazia  diventato parte del nuovo stato. Le squadre e i calciatori croati partecipano con successo alle competizioni europee per club.

L'NK Dinamo Zagreb raggiunge la finale della Coppa delle Fiere (antesignana della Coppa UEFA) nel 1962/63 e conquista il trofeo nel 1966/67. L'HNK Hajduk Split raggiunge i quarti e le semifinali di Coppa delle Coppe UEFA tra il 1972 e il 1980, mentre l'HNK Rijeka raggiunge i quarti della Coppa delle Coppe nel 1978/79 e della Coppa UEFA nel  1983/84.

L'8 ottobre 1991, a seguito del dissolvimento della Jugoslavia, la Croazia riacquista piena indipendenza e diventa membro delle Nazioni Unite. La HNS rinnova la propria adesione alla FIFA a luglio 1992, e diventa membro affiliato alla UEFA il 16 giugno 1993. La nazionale croata lascia subito il segno raggiungendo i quarti di finale a EURO '96 all'esordio in un grande torneo, riuscendo addirittura a fare meglio al Mondiale FIFA 1998, finendo al terzo posto dopo avere perso in semifinale contro la Francia padrona di casa. In seguito, la Croazia raggiunge la fase finale di quattro grandi tornei consecutivi: Mondiale 2002, UEFA EURO 2004, Mondiale 2006 e UEFA EURO 2008.

I calciatori croati sono eredi di una illustre tradizione. Bernard Vukas, Vladimir Beara, Zlatko Čajkovski e Branko Zebec hanno fatto parte della squadra FIFA che gioca una partita commemorativa a Londra nel 1953. Drazan Jerkovic e Davor Šuker sono stati rispettivamente capocannonieri dei Mondiali 1962 e 1998; e Robert Prosinečki e Zvonimir Boban migliori calciatori del Mondiale Under 20 FIFA nel 1987 in Cile.

Nel futsal, l'ex Jugoslavia è pioniera di questo sport, mentre la Croazia gioca la prima partita dopo l'indipendenza nel 1994, perdendo 4-1 contro l'Italia, ma vince le tre successive contro Giappone (18-4), Polonia (11-4) e Spagna (3-1). La Croazia si qualifica alla fase finale delle edizioni del 1999 e 2001 del Campionato Europeo di Futsal UEFA, nonché al Mondiale di Futsal FIFA del 2000, dove raggiunge il secondo turno. UEFA Futsal EURO 2012, che vedrà la Croazia come paese anfitrione, sarà il primo torneo importante a cui partecipa da allora.