La UEFA Futsal Cup è divisa in tre fasi a gironi e una fase finale a quattro squadre.

Turno preliminare
In base al numero delle partecipanti, le squadre delle nazioni più basse nel ranking partecipano a mini-tornei da tre o quattro squadre che si giocano a inizio stagione. Ogni mini-torneo è ospitato da uno dei club ed ogni squadra si affronta l'un l'altra con la prima classificata che va avanti.

Turno principale
Le vincenti del turno preliminare si uniscono a tutte le altre squadre che non hanno partecipato al turno precedente, tranne le prime quattro nel ranking. Sono sorteggiate in sei gironi da quattro, che si disputano con la formula di mini-tornei in una sede: si qualificano le prime due.

Turno Elite
Le 12 squadre qualificate dal turno principale sono raggiunte dalle quattro dal ranking migliore: vengono sorteggiati quattro gironi da quattro. Le quattro prime classificate dei mini-tonnei autunnali, accedono alla finale a quattro.

Fase finale
La fase finale si disputa nell'arco di un finesettimana in aprile e viene ospitata da una delle partecipanti. Il torneo si gioca tutto ad eliminazione diretta: semifinali e due giorni dopo finali per terzo e primo posto. Se la finale per il terzo posto finirà in parità al termine dei 40 minuti regolamentari si andrà direttamente ai rigori, mentre nelle altre gare si disputeranno tempi supplementari da dieci minuti.