Dalla stagione 2004/05, la Coppa UEFA ha adottato un nuovo formato che comprende una fase a gironi oltre alle tradizionali partite su due turni e la finale decisa da una partita singola.

Nuovo formato
Due turni di qualificazione e un primo turno effettivo aprono la competizione definendo le 40 squadre che accedono alla fase a gironi. In questa fase le partecipanti vengono divise in otto gruppi da cinque e disputano quattro partite (due in casa e due in trasferta). Le prime tre classificate per ogni girone avanzano alla fase ad eliminazione diretta che comprende anche gli otto club che hanno concluso al terzo posto la fase a gironi della UEFA Champions League.

Eliminazione diretta
Da questo punto, le 32 partecipanti si affrontano con la tradizionale formula 'andata e ritorno'  durante la quale la squadra che realizza il maggior numero di gol nel computo delle due partite passa il turno. In caso di parità, vale il numero di gol realizzati in trasferta.

Finale
La finale si disputa in una partita singola, che quest'anno si giocherà ad Eindhoven.